(1) N. liegt auf einem Plateau über dem Ostufer der Saale über der Mausa, einem Nebenfluss der Saale, direkt gegenüber dem Mündungsgebiet der Unstrut, wo im 10. Jahrhundert die Gf.enfamilie der Ekkehardiner nachzuweisen ist, deren Hauptsitz zunächst Kleinjena war. Nachdem Graf Gunther 965 von Kaiser Otto I. die Markgrafschaft Meißen erhalten hatte, stieg die Familie unter Ekkehard I. (ermordet 1002) zu reichspolitischer Geltung auf. In seine Zeit oder die seines Sohnes Ekkehard II. († 1046) dürfte der Familiensitz nach dem nur wenige Kilometer entfernten N. verlegt worden sein, wohin 1028 auch der Bf.ssitz von Zeitz (etwa 30 km entfernt) verlegt wurde: 1030 wurde N. als civitas bezeichnet. Ausgangspunkt für die neue Siedlung war die Errichtung der Nuwenburch. Die Ekkehardiner förderten die neue Bf.skirche, u. a. mit Übertragung des Ortes N. Aus Kleinjena siedelten Fernkaufleuten nach N. um, wo sie eine erste Marktsiedlung (Suburbium) etablierten. Nach dem Erlöschen der Ekkehardiner im Mannesstamm 1046 diente die Mkgf.enburg als Wohnsitz der Bischöfe, die seit der Mitte des 13. Jahrhunderts wieder Zeitz bevorzugten, wo sie sich der wettinischen Schirmherrschaft zu entziehen vermochten, die seit dem thüringisch-hessischen Erbfolgekrieg 1247–1264 über N. bestand. Bis zum Tod des letzten Bf.s Julius von Pflug 1564 nahmen die N.er Bischöfe ihren Wohnsitz in Zeitz, wo auch die Zentralbehörden errichtet wurden. N. blieb nur formal Bf.ssitz, wo das zunehmend erstarkende und wachsende (vom 13. bis zum 16. Jahrhundert stieg die Zahl der Domherren von zwölf auf 24) Domkapitel faktisch die Herrschaft übernahm; Stadtherr blieb jedoch der Bischof 1286 übernahm der Dompropst die Burg, weswegen die Bischöfe sich zwischen 1305 und 1329 eine größere Kurie südöstlich der Domkirche sicherten, die als Nebenresidenz bis ins 16. Jahrhundert genutzt wurde. Der letzte Bischof Julius von Pflug legte 1564 noch den Grundstein für eine neue bischöfliche Residenz, die erst nach seinem Tod vollendet wurde. Nochmals fungierte N. 1653–1663 als Residenz der Sekundogenitur Sachsen-Zeitz.
(2) Im N.er Stadtgebiet konnten ältere Siedlungsspuren nachgewiesen werden, die jedoch keine direkten Beziehungen zur späteren Stadt besitzen. Die früheste städtische Entwicklung ging von dem räumlich nicht fassbaren Suburbium im Umfeld der kurz nach 1000 errichteten Nuwenburch aus, vermutlich dürfte es sich um das Areal östlich und südöstlich des heutigen Domplatzes handeln. 1033 gestattete Bischof Kadeloh mit einer Urkunde die Übersiedlung der Fernkaufleute aus Kleinjena, was als vermeintliches »Stadtgründungsprivileg« in die Stadtrechtsforschung Eingang gefunden hat, da im Text ausdrücklich ein bestehendes gewohnheitsmäßiges Recht für Fernkaufleute genannt wird. Ihnen wurde der freie Besitz von Haus und Hof ohne die üblichen Abgaben und Dienste sowie das Recht, nach eigenem Ermessen Handelsreisen durchzuführen, zugesichert.
Ältere Domimmunität und civitas teilten sich im 11. und 12. Jahrhundert den Raum in der direkten Umgebung der Domkirche. Frühe Kurien von Domherren (befestigte Höfe mit einem steinernen Wohnturm) lassen sich seit dem 12. Jahrhundert nachweisen (z. T. noch erhalten). Neueren Forschungen zufolge kam es spätestens in der zweiten Hälfte des 12. Jahrhunderts zur Gründung einer neuen civitas etwa 350 Meter südlich des Domes, deren Zentrum der heutige Marktplatz bildete. Grund dürfte der unmittelbare Zugang zu der östlich verlaufenden Hohen Straße (via regia) und der Frankenstraße gewesen sein. Das Gebiet der alten civitas wurde der sich im 13. und 14. Jahrhundert ausdehnenden Domimmunität zugeschlagen. Ein weiterer Siedlungskern dürfte ein Areal um das bereits vor 1144 bestehende Hospital St. Maria-Magdalena gewesen sein, das in der neuen Stadt aufging. Die genaue Ausdehnung der neuen Marktsiedlung lässt sich nicht ermitteln. Immerhin lassen die ältesten Schossregister N.s (seit 1314) erkennen, dass die heutige Struktur der Stadtviertel mit den fünf wichtigsten Straßenzügen bereits um 1300 ausgebildet war.
Die Einwohnerzahl der Bürgerstadt (ohne Domfreiheit) dürfte um 1300 bei 3000–4000, um 1500 bei ca. 6000 und in der Mitte des 17. Jahrhunderts bei ca. 10.000 gelegen haben. Einwohnermatrikel der Domimmunität aus der Mitte des 15. Jahrhunderts nennen neben der Geistlichkeit ca. 300 Familien.
Im Gegensatz zur Domfreiheit konstituierte sich in der Bürgerstadt wahrscheinlich bereits im 13. Jahrhundert ein Rat. Soziale Ausdifferenzierung führte im frühen 14. Jahrhundert zu Spannungen in der Bürgerschaft, die 1329 in eine neue Ratsverfassung mündeten, nach der Reiche und Arme je sechs Ratsmitglieder stellen sollten. Die Gerichtsbarkeit über beide Städte lag zunächst vollständig in der Hand des Bf.s. Das Hochgericht wurde durch einen Vogt, das Niedergericht durch einen Schultheißen in der Bürgerstadt und einen Gerichtsvogt des Domkapitels in der Domfreiheit ausgeübt. Zwischen 1486 und 1500 war die vollständige Gerichtsbarkeit der Bürgerstadt an den Rat verpfändet.
Das Erstarken der Handwerkerschaft zeigt sich in einer ganzen Reihe von Innungsgründungen seit 1323. Im 14. und 15. Jahrhundert prosperierte N., nicht zuletzt aufgrund der regional bedeutsamen jährlichen Peter-und-Pauls-Messe, die 1514 durch Kaiser Maximilian privilegiert wurde. 1380 wurde das erste Kaufhaus am Markt errichtet.
1276 wurde N. das Recht zum Bau einer Stadtmauer (Befestigungsanlagen dürften älter sein) gewährt, die zunächst auch die Domimmunität einbeziehen sollte. Dennoch kam es Ende des 13. Jahrhunderts zur Errichtung zweier getrennter Maueranlagen, die bis 1835 (im Bereich des heutigen Lindenrings) die Domfreiheit von der Bürgerstadt trennte. Letztere erweiterte in der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts ihre Wehranlagen (erhalten sind das Marientor und größere Teile der Mauern). Domfreiheit und Bürgerstadt verfügten über jeweils vier Tore, nur das Herrentor verband beide Städte. Im Umfeld der beiden Naumburger Klöster St. Georg und St. Moritz entstanden bereits im 12. und 13. Jahrhundert kleine Siedlungen, die zu Vorstädten wurden.
Einen Sonderrechtsbezirk bildete die 1348 erstmals erwähnte (sicher ältere) Judengemeinde in der Jüdengasse in der Nähe des Marktplatzes, die über Synagoge, Mikwe und Schule verfügte, und unter dem Schutz des Bf.s stand. 1410 wurden vertraglich bis zu 22 Familien zugelassen. Mit Genehmigung des Bf.s wurden die Juden 1494 vom Rat vertrieben.
(3) Wahrscheinlich entstand mit dem Suburbium im 11. Jahrhundert ein bescheidener Vorgängerbau der im 12. Jahrhundert sicher bezeugten Marienkirche südlich des Domes. Die Marienkirche blieb auch nach der Erhebung zum Kollegiatstift im Jahr 1343 Pfarrkirche für die Gemeinde der Domfreiheit. Nördlich der Marienkirche wurde nach 1028 der erste Dombau St. Peter und Paul errichtet, der zwischen ca. 1200 und 1250 durch den heute noch erhaltenen Neubau ersetzt wurde. Seit dem 14. Jahrhundert gab es 16 bzw. 18 Vikare sowie mehrere Altaristen für die ca. 40 Nebenaltäre. Nach der Zerstörung der Marienkirche 1532 wurde der Mariengemeinde das Langhaus des Doms zugewiesen (bis heute). In der Domklausur haben sich bis heute die Bestände von Domstiftsbibliothek und -archiv erhalten.
Auf dem nördlichen Teil des Burgplateaus entstand eventuell schon vor der Verlegung des Bf.ssitzes die aus Kleinjena translozierte Benediktinerabtei St. Georg, die den Ekkehardinern als Familiengrablege diente. Zu einem unbekannten Zeitpunkt wurde das Kloster St. Moritz auf einer durch den Fluss Mausa vom Altstadtplateau getrennten Anhöhe gegründet. Kurz vor 1119 installierte Bischof Dietrich I. hier ein Augustiner-Chorherrenstift. Die beiden Klostersiedlungen verfügten mit St. Margaretha (Georgenkloster) und St. Michael (Moritzkloster) über eigene Kapellen. Während die letzten Reste des Georgenklosters im 18. Jahrhundert überbaut wurden, blieb zumindest die Kirche des Moritzklosters als Pfarrkirche für die Moritzvorstadt erhalten. In N. gab es keine Niederlassungen von Bettelorden.
Geistliches Zentrum der Civitas war die am Markt gelegene Pfarrkirche St. Wenzel (Ersterwähnung 1218), der im Spätmittelalter die Kapelle St. Jakob am Holzmarkt als Filiale zugeordnet war. 1275 wurde die Pfarrkirche dem Domkapitel inkorporiert. Zur Kirche gehörten mindestens 14 Nebenaltäre, von denen im frühen 16. Jahrhundert elf unter dem Patronat des Rates standen. Nachdem Rat und Bürgerschaft bereits zuvor Zugriff auf die meisten Kirchenlehen hatten, gelangte das Patronatsrecht über St. Wenzel 1536 endgültig an den Rat. In St. Wenzel hat sich die 1611 gegründete Pfarrbibliothek und ein Archiv erhalten.
Der Kapelle des zunächst dem Zisterzienserkloster Pforte und seit 1144 dem Benediktinerkloster St. Georg inkorporierten Hospitals St. Maria-Magdalena oblag die seelsorgerische Versorgung des Marienviertels. Unklar ist der Status der unter dem Patronat des Domkapitels stehenden Pfarrkirche St. Othmar, die außerhalb der Domimmunität und der Civitas lag, in die aber Bewohner beider Stadtteile eingepfarrt waren.
Von den vier Hospitälern lag nur das bereits vor 1144 gegründete Marien-Magdalenen-Hospital innerhalb der Stadtmauern. Dieses und das 1248 in der Nähe der bfl.en Residenz gegründete Laurentiushospital standen unter dem Patronat geistlicher Institutionen, während das 1336 gegründete Jakobs- und das wahrscheinlich im 15. Jahrhundert gegründete Heilig-Geist-Hospital vor der Bürgerstadt ihre Entstehung dem Rat zu verdanken haben.
Ein Kaland kann nicht nachgewiesen werden. Es bestanden drei Fronleichnamsbruderschaften an den Pfarrkirchen St. Wenzel, St. Othmar und St. Marien.
Die älteste Schuleinrichtung ist die Kathedralschule am Dom, die sich bereits Ende des 11. Jahrhunderts nachweisen lässt, und die im Spätmittelalter auch Bürgerkindern offenstand (heute Domgymnasium). Eine Ratsschule wurde 1392 ins Leben gerufen. Über den Klöstern angebundene Schulen ist nichts bekannt. Erst nach Übertritt von Abt und Konvent zum Luthertum wurde im Kloster St. Georg um 1530 eine protestantische Klosterschule gegründet.
Die lutherische Lehre fand im N.er Stadtgebiet früh eine rasche Verbreitung, was zu erheblichen Spannungen zwischen Rat, Bürgerschaft und Domkapitel führte. 1542 wurde Nikolaus von Amsdorf im N.er Dom durch Martin Luther zum ersten protestantischen Bischof der Welt geweiht. Die Weihe fand auf Wunsch des Kurfürsten und gegen die Wahl des katholischen Domkapitels statt.
(4) Das Stadtbild mit seinen zwei ummauerten Bezirken und den unbefestigten Vorstädten blieb bis in die Mitte des 19. Jahrhunderts unverändert. Die Bebauung wird wesentlich durch zwei Stadtbrände 1517 (Bürgerstadt) und 1532 (Domfreiheit) bestimmt, doch hat sich erheblicher spätmittelalterlicher Bestand erhalten. Während die Domfreiheit abgesehen von den aufwendigen Domherrenkurien am Domplatz (als frühestes Beispiel der romanische Wohnturm Domplatz 1, ein Bau des 12. Jahrhunderts) Kennzeichen landwirtschaftlicher Tätigkeit (bescheidene Architektur) aufweist, hat sich im Bereich der Civitas eine repräsentative Bürgerhausarchitektur der Spätgotik und Renaissance erhalten. Als Großbauten sind zu nennen: Seit 1426 Neubau der spätgotischen Wenzelskirche, zwischen 1517 und 1529 Neubau des Rathauses sowie 1543 des Schlösschens als Residenz für Bischof Nikolaus von Amsdorf am Marktplatz. Der aus dem 15. Jahrhundert stammende Marktbrunnen erhielt 1579 eine als Stadtpatron St. Wenzel gedeutete Skulptur eines gerüsteten Mannes mit Lanze und Schild; letzteres mit den Insignien des N.er Stifts. In der Mitte des 17. Jahrhunderts wurde ein provisorisches Stadtschloss für Herzog Moritz von Sachsen-Zeitz errichtet, der hier zwischen 1653 und 1663 seine Residenz nahm, die im Obergeschoss über einen Gang mit der benachbarten Stadtpfarrkirche verbunden wurde.
Seit dem wirtschaftlichen Niedergang der Stadt in Folge des Dreißigjährigen Krieges kam es zu keiner größeren Neugestaltung des Stadtbildes, wohl aber zu zahlreichen barocken Überformungen älterer Bausubstanz. Eine erste gesicherte Stadtansicht als Federzeichnung Wilhelm Dilichs stammt aus dem Jahr 1627, eine weitere, vielleicht schon um 1610 entstandene Zeichnung, könnte auf Pieter Stevens zurückgehen.
(5) N. hatte von Anfang an Bedeutung für den Fernhandel, wie die Übersiedlung der Kaufleute aus Kleinjena nahelegt. Neben der regionalen Nahmarktfunktion war die jährlich Ende Juni stattfindende Peter-und-Pauls-Messe im Laufe des Spätmittelalters von zunehmender Bedeutung. Als N.er Produkte sind Färberwaid und vor allem Bier zu nennen. Das Autonomiestreben der prosperierenden Bürgerstadt gipfelte 1432 im Beitritt in den mit der Hanse verbundenen Sächsischen Städtebund. Ein Jahr später musste der Rat jedoch den Hzg.en Friedrich und Sigismund von Sachsen geloben, aus dem Städtebund auszutreten und auch künftig kein Bündnis mehr einzugehen. Bis in das 17. Jahrhundert hinein war N. ein bevorzugter Ort für Fürstentage und prominente Zusammenkünfte, wie der Unterzeichnung des Friedens im Sächsischen Bruderkrieg 1451 oder des Protestantischen Fürstentages 1561.
(6) N. machte als Bf.sstadt seit dem 12./13. Jahrhundert eine urbane Sonderentwicklung zu einer Doppelstadt mit älterer Domimmunität und jüngerer Ratsstadt durch. Zwischen 1028 und 1564 formal Bf.ssitz der N.er Diözese, war mit diesem jedoch lediglich bis 1285 auch eine Residenzfunktion verbunden. Im Spätmittelalter zählte N. vor allem wegen der überregional wahrgenommenen Peter-und-Pauls-Messe und seiner verkehrsgünstigen Lage an mehreren wichtigen Handelsrouten zu den bedeutenderen Mittelstädten. Die zum Teil erfolgreiche Emanzipationspolitik des Rates gipfelte in dem letztlich gescheiterten Beitritt in den mit der Hanse verbundenen Sächsischen Städtebund 1432/33. Die Stadtherrschaft des Bf.s wurde seit dem frühen 14. Jahrhundert zunehmend vom Domkapitel beeinflusst. Der Ort profitierte auch nach dem Wegzug der Bischöfe durch deren temporäre Aufenthalte sowie die gehobenen Bedürfnisse der in N. residierenden Domherren, deren Kurien den Charakter städtischer Adelshöfe annahmen. Daneben war N. immer wieder Austragungsort von Fürstentagen, zuletzt 1614. Die Einführung der Reformation erfolgte vor allem auf Druck der Bürgerschaft in einem längeren Prozess zwischen 1524 und 1536, während dem sich der Rat unter die Schutzherrschaft des sächsischen Kurfürsten begab. Während der Regierungszeit des evangelischen (Gegen-)Bf.s Nikolaus von Amsdorf (1542–1546) kam es zum Ausbau des Schlösschens am Marktplatz. Während die Präsenz und Wohnkultur der zumeist adeligen Domherren bis in das 20. Jahrhundert eine Besonderheit in der Stadt darstellte, war N. letztmalig und für kurze Zeit Residenzort, als hier von 1653 bis 1663 Herzog Moritz von Sachsen-Zeitz seinen Wohnsitz hatte.
(7) Die wichtigsten ungedruckten Quellen zur Ratsstadt befinden sich im Naumburger Stadtarchiv. Neben den ca. 350 Urkunden (seit 1273) hat sich seit dem 14. Jahrhundert eine reiche Aktenüberlieferung erhalten. Schossregister seit 1314, Ratsrechnungen seit 1348, Landsteuerregister, zahlreiche Handels- und Kopialbücher, Bestand »Innungen« (16.–19. Jahrhundert), vereinzelte Bürgertestamente und Geburtsbriefe (seit 16. Jahrhundert), städtische Chroniken (16.–19. Jahrhundert), Bürgerbuch 1342–1850 [Datenbank: http://www.mv-naumburg.de/buergerbuch-db].
Die archivalische Überlieferung zur Domimmunität befindet sich im Naumburger Domstiftsarchiv. Neben den ca. 2000 Urkunden (seit 976) hat sich seit dem 15. Jahrhundert eine umfangreiche Aktenüberlieferung erhalten mit Einzelbeständen u. a. zur Verwaltung, Gerichtsbarkeit, Kirchenorganisation und zum Kurienbau, Einwohnerverzeichnisse seit 1448. Es existieren kleinere Pfarrarchive zu St. Wenzel und St. Othmar/Moritz in der Verwaltung des Kirchenkreises Naumburg-Zeitz.
Weitere Archivalien zur Stadt und den verschiedenen geistlichen Institutionen befinden sich im Landeshauptarchiv Sachsen-Anhalt (vor allem Standorte Magdeburg, Merseburg und Wernigerode). Hier auch Bestände zur Sekundogenitur Sachsen-Naumburg-Zeitz (Bestand 01.04.02) im Thüringischen Hauptstaatsarchiv in Weimar (vor allem Klosterbestände) und dem Sächsischen Hauptstaatsarchiv in Dresden.
(8)Borkowsky, Ernst: Die Geschichte der Stadt Naumburg, Stuttgart 1897. – Hoffmann, Ernst: Naumburg a. S. im Zeitalter der Reformation. Ein Beitrag zur Geschichte der Stadt und des Bistums, Leipzig 1901 (Leipziger Studien aus dem Gebiet der Geschichte, 7,1). – Bergner, Heinrich: Beschreibende Darstellung der älteren Bau- und Kunstdenkmäler der Stadt Naumburg, Halle 1903 (Beschreibende Darstellung der älteren Bau- und Kunstdenkmäler der Provinz Sachsen, 24). – Albrecht, Otto: Mitteilungen aus den Akten der Naumburger Reformationsgeschichte, in: Theologische Studien und Kritiken 77 (1904) S. 32–82. – Keber, Paul: Die Naumburger Freiheit, Leipzig 1909 (Leipziger Historische Abhandlungen, 12). – Wiessner, Heinz: Die Anfänge der Stadt Naumburg an der Saale und ihre Entwicklung im Mittelalter, in: Blätter für deutsche Landesgeschichte 127 (1991) S. 115–143. – Wiessner, Heinz: Das Bistum Naumburg. Die Diözese, Berlin 1997/98 (Germania Sacra, N.F., 35,1–2). – Naumburg an der Saale. Beiträge zur Baugeschichte und Stadtsanierung, hg. von der Stadt Naumburg, Petersberg 2001. – Cypionka, Ruth: Die Ausstattung des Naumburger Bürgerhauses in Renaissance und Barock, Petersberg 2008. – Strehl, Cordula: Historische Ansichten der Stadt Naumburg. Von den Anfängen bis 1850, in: Saale-Unstrut-Jahrbuch 17 (2012) S. 95–111.