Die Germania Sacra ist nach Kirchenprovinzen und Bistümern in den Grenzen um 1500 gegliedert. In jedem Bistum werden die Institutionen der Diözese, die Bischöfe, das Domkapitel, die Säkularstifte, Klöster und Pfarreien separat erfasst. Jede Institution wird in Bezug zur allgemeinen Geschichte, zur Landes-, Kirchen- oder Ordensgeschichte gestellt.
Die Handbücher der Germania Sacra sind einheitlich nach folgendem Gliederungsschema angelegt:
1. Quellen, Literatur und Denkmäler
2. Archiv und Bibliothek
3. Historische Übersicht
4. Verfassung
5. Religiöses und geistiges Leben
6. Besitz
7. Personallisten
In der seit 1917 unter der Ägide des Kaiser-Wilhelm-Instituts für deutsche Geschichte in Berlin stehenden Germania Sacra erschienen 8 Bände (sog. „Alte Folge"). In der seit 1956 am Max-Planck-Institut für Geschichte in Göttingen weitergeführten Germania Sacra wurden 50 Bände der sog. „Neuen Folge" publiziert.
Ab 2008 erscheinen die Bände der Germania Sacra in der Verantwortung der Union der Akademien in Deutschland unter der Schirmherrschaft der Akademie der Wissenschaften zu Göttingen als „Dritte Folge". Die „Dritte Folge“ stellt die Diözesen mit den Bischofslisten und Domstiften in den Mittelpunkt der Bearbeitung.
Ergänzend zu den Handbüchern der Germania Sacra wurden bis 2007 32 Bände der auf aktuelle Forschungsfragen ausgerichteten „Studien zur Germania Sacra" publiziert. Ab 2008 werden die „Studien“ als Unterreihe der Germania Sacra mit dem Zusatz „Neue Folge“ fortgesetzt.